A mi me ocurria con el X55 que de repente sin hacer nada, la nave hacia cosas por su cuenta, en mi caso era por culpa del teamspeak, fui a las opciones, teclas de acceso rápido y en la parte inferior donde pone predeterminado lo puse en "teclado y ratón solo", pero no parece tú problema y lo cierto es que me suena que alguien del clan lo tenía o algo muy parecido, no veo el post en el subforo que tenemos para esas cosas, asi que seria algo en Telegram...
yo lo que intentaría primero es utilizar algun perfil predefinido por el juego, ya que cuenta con esquemas ya hechos si vas a las opciones de bindeo y me suena que el x52 pro tenia un perfil y puedes probar a ver si ese te va bien, si es el ya usas o estás usando otro editado por ti, comprobaría el bindeo del throttle (palanca de gases), eje X (axis) y volverlo a configurar.
Si te lias, también puedes borrar la carpeta USER (entera tal cual), C:\Program Files\Cloud Imperium Games\StarCitizen\Public\USER
ten en cuenta que ahi dentro están las configuraciones de bindeo que hayas podido realizar, asi que si quieres guardarte una copia de seguridad hazlo previamente del borrado, dentro de user estaba la carpeta de controles o profiles.
Este perfil a lo mejor te ayuda
https://drive.google.com/file/d/0B7DIVroogsD4REFnR3VZQ2l1Ym8/viewhttp://imgur.com/a/TL1CwLo cargas con el software de saitek, asi el bindeo lo puedes hacer externamente del juego, pero los ejes debes seguir haciendolo desde el juego y eso es lo que te interesa realmente asi que
EDITO: adjunto captura de donde debes rebindear tu palanca de gases, puedes ver abajo a la derecha que te deja seleccionar perfiles predefinidos incluido x52pro, pero puedes probar a rebindear el throttle up down (no le hagas caso a mi foto en ese que no lo tengo configurado ahora mismo)