También puedes probar a borrar la famosa carpeta USER
C:\Program Files\Cloud Imperium Games\StarCitizen\Public\USER
Borrando entera esta carpeta se suelen solucionar bastantes bugs del juego, no es una solución permamente pero suele ayudar.
Eso sí, si consigues solucionarlo, para una próxima recuerda que los bindeos se guardan en esa carpeta, asi que antes de volver a repetir la acción en un futuro, guarda una copia del archivo del mapeado que te hayas creado para el joystick.